Защита админок CJ-скриптов от несанкционированного доступа?

Для того, чтобы не дать воспользоваться админками скриптов злоумышленнику, даже если он узнал логин/пароль для входа, необходимо закрыть доступ к админкам только для вашего IP/сети. Делается следующим образом(код .htaccess'a):

at3/atx:
<Files admin.cgi>
Order Deny,Allow
Deny from all
Allow from <your_ip1>
Allow from <your_ip2>
Allow from <your_network>
</Files>

<Files x2.cgi>
Order Deny,Allow
Deny from all
Allow from <your_ip1>
Allow from <your_ip2>
Allow from <your_network>
</Files>

dtr/streamrotator/etc:
<Files admin.php>
Order Deny,Allow
Deny from all
Allow from <your_ip1>
Allow from <your_ip2>
Allow from <your_network>
</Files>

tm3:
<Files ttlogin>
Order Deny,Allow
Deny from all
Allow from <your_ip1>
Allow from <your_ip2>
Allow from <your_network>
</Files>

ST:
<Files rotator.php>
Order Deny,Allow
Deny from all
Allow from <your_ip1>
Allow from <your_ip2>
Allow from <your_network>
</Files>

Сеть(your_network) в случае, если у вас динамический IP записывается, как ip/netmask(к примеру, 10.10.0.0/16).
Если используется 2 либо больше скриптов вместе и нужно защитить скажем, admin.cgi и admin.php, то в .htaccess последовательно пишется оба фрагмента кода

Почему перестала собираться статистика?

При установке, скрипт прописывает свой крон для сбора статистики, но панель затирает кроны, которые были прописаны скриптами. Для того, чтобы статистика работала, после установки скрипта нужно посмотреть, какой крон был добавлен, скопировать его и добавить через панель. Панель затрет крон, добавленный скриптом, но пропишет свой точно такой же.
Из консоли (ssh) посмотреть какой крон был добавлен скриптом можно с помощью команды crontab:

Эта команда покажет все кроны пользователя.

Крон скрипта ATL при стандартной установке имеет вид:
* * * * * /home/ACCOUNT/DOMAIN.COM/cgi-bin/at3/cronx.cgi
где ACCOUNT - ваш аккаунт, а DOMAIN.COM - домен, на котором установлен скрипт ATL

Как увеличить время работы скрипта PHP?

Время работы скрипта можно увеличить только вручную через конфиг PHP. Создайте в панели управления тикет с просьбой.